📚Recursos y ejercicios

Enumeración de bibliotecas químicas usando reacciones químicas

Google Colaboratory

Para visualizar y ejecutar el código descrito en la sección Reacciones químicas puede consultar el siguiente cuaderno de código.

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Ejercicios:

1. Construya la reacción de formación de indoles de Larock en formato SMILES y visualícela usando la paquetería SmilesDrawer.

1. Identifique el centro de la reacción para la formación de indoles de Larock y represéntelo en formato de reacción SMARTS. Considere que el nitrógeno de la yodoanilina no puede ser parte de una amida, tioamida o amidina.

2. Utilice la reacción descrita en el punto 2 y muestre el o los compuestos que se forman con los siguientes reactivos.

Reactivo 1: Nc1ccccc1Br

Reactivo 2: CCC#CC1=CC=CC=C1

1. Construya una biblioteca virtual en Python siguiendo el procedimiento descrito a continuación:

a) Seleccione un enfoque de síntesis a seguir y las reacciones a emplear (p. ej. síntesis orientada en biología (BIOS), síntesis orientada en diversidad (DOS), química combinatoria o síntesis tradicional). Justifique su elección.

b) Construya o identifique los bloques de construcción a emplear (generalmente bloques disponibles comercialmente).

c) Identifique las características de los bloques de construcción para la estrategia a seguir. Indique los SMARTS resultantes que serán usados para filtrar los bloques de construcción.

d) Establezca las reacciones a utilizar en formato de reacciones SMARTS.

e) Automatice su enfoque de enumeración en Python y muestre ejemplos de los compuestos diseñados.

f) Adicionalmente puede utilizar filtros para la exclusión y remoción de compuestos duplicados o compuestos con alertas estructurales.

Enumeración de bibliotecas químicas usando reglas de transformación

Google Colaboratory

Para visualizar y ejecutar el código descrito en la sección Reglas de transformación puede consultar el siguiente cuaderno de código.

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Ejercicios:

1. Del siguiente artículo seleccione 3 transformaciones, indique su implicación en el diseño fármacos y conviértalas en formato SMIRKS.

J. Agric. Food Chem. 2023, 71, 47, 18087–18122

1. Utilice la base de fármacos aprobados (https://github.com/DIFACQUIM/Cursos/blob/main/Datasets/FDA_2022_july_05_curada.csv) o alguna de su interés como compuestos de referencia y el código visto en esta sección para generar nuevos compuestos utilizando las transformaciones descritas en el punto 1. Muestre ejemplos de los compuestos obtenidos.