# Recursos y ejercicios

### Enumeración de bibliotecas químicas usando reacciones químicas  

### <mark style="color:green;">Google Colaboratory</mark>&#x20;

Para visualizar y ejecutar el código descrito en la sección [Reacciones químicas](https://difacquim.gitbook.io/quimioinformatica/8.-enumeracion-de-bibliotecas-quimicas/8.1-reacciones-quimicas)  puede consultar el siguiente cuaderno de código.

{% embed url="<https://colab.research.google.com/drive/12nMDRZs8f3VkaYQKElmeXrk-YrMuYRYi?usp=sharing>" %}

<details>

<summary>Ejercicios:</summary>

1. &#x20;Construya la reacción de formación de indoles de Larock en formato SMILES y visualícela usando la paquetería `SmilesDrawer.`

![](https://4235622825-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2FyzFDWCsANohM6QBx4kmk%2Fuploads%2Fq0DWt00LiiHLMlCM2k0Z%2Fimage.png?alt=media\&token=1702a1c5-8de1-460a-8234-6b1301e23d6c)

2. Identifique el centro de la reacción para la formación de indoles de Larock y represéntelo en formato de reacción SMARTS. Considere que el nitrógeno de la yodoanilina no puede ser parte de una amida, tioamida o amidina. &#x20;
3. Utilice la reacción descrita en el punto 2 y muestre el o los compuestos que se forman con los siguientes reactivos.&#x20;

Reactivo 1: Nc1ccccc1Br

Reactivo 2: CCC#CC1=CC=CC=C1

3. Construya una biblioteca virtual en Python siguiendo el procedimiento descrito a continuación:

a) Seleccione un enfoque de síntesis a seguir  y las reacciones a emplear (p. ej. síntesis orientada en biología (BIOS), síntesis orientada en diversidad (DOS), química combinatoria o síntesis tradicional). Justifique su elección.

b) Construya o identifique los bloques de construcción a emplear (generalmente bloques disponibles comercialmente).

c) Identifique las características de los bloques de construcción para la estrategia a seguir. Indique los SMARTS resultantes que serán usados para filtrar los bloques de construcción.

d) Establezca  las reacciones a utilizar en formato de reacciones SMARTS.

e) Automatice su enfoque de enumeración en Python y muestre ejemplos de los compuestos diseñados.

f) Adicionalmente puede utilizar filtros para la exclusión y remoción de compuestos duplicados o compuestos con alertas estructurales.&#x20;

</details>

### Enumeración de bibliotecas químicas usando reglas de transformación

### <mark style="color:green;">Google Colaboratory</mark>

Para visualizar y ejecutar el código descrito en la sección [Reglas de transformación](https://difacquim.gitbook.io/quimioinformatica/8.-enumeracion-de-bibliotecas-quimicas/8.2-reglas-de-transformacion) puede consultar  el siguiente cuaderno de código.

{% embed url="<https://colab.research.google.com/drive/14i93qJEjtJasngsjrwOMRamqKh5CN-SR?usp=sharing>" %}

<details>

<summary>Ejercicios:</summary>

1. &#x20;Del siguiente artículo seleccione 3 transformaciones, indique su implicación en el diseño fármacos y conviértalas en formato SMIRKS.&#x20;

[*J. Agric. Food Chem.* 2023, 71, 47, 18087–18122](https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jafc.3c00765)

2. Utilice la base de fármacos aprobados (<https://github.com/DIFACQUIM/Cursos/blob/main/Datasets/FDA_2022_july_05_curada.csv>) o alguna de su interés como compuestos de referencia y el código visto en esta sección para generar nuevos compuestos utilizando las transformaciones descritas en el punto 1. Muestre ejemplos de los compuestos obtenidos.&#x20;

</details>