💊4.3 DrugBank

Link de acceso: https://go.drugbank.com/

DrugBank es una base de datos que contiene información sobre fármacos y blancos terapéuticos. Es un recurso utilizado tanto en quimioinformática como en bioinformática, combina datos detallados de fármacos (químicos, farmacólogicos y farmacéuticos) con información del blanco terapéutico (secuencia, estructura y ruta metabólica). Fue creada en el 2006, en el laboratorio del Dr. David Wishart de la Universidad de Alberta, Canadá. En el 2011 pasó a formar parte del Centro de Innovación Metabolómica en Canadá (TMIC).

En DrugBank podemos encontrar información de moléculas pequeñas aprobadas como fármacos, biológicos aprobados (proteínas, péptidos, vacunas), nutracéuticos y fármacos experimentales. También pueden encontrarse las secuencias proteicas asociadas a los fármacos (blanco terapéutico, enzima, transportador). Cada entrada contiene más de 200 campos de datos, la mitad de la información corresponde a datos del fármaco y la otra mitad a datos del blanco o proteínas asociadas. A continuación, se exponen algunos ejemplos de búsquedas que pueden realizarse en la base de datos DrugBank utilizando su interfaz web (Figura 1).

Figura 1. Interfaz gráfica de DrugBank.

Búsqueda de fármacos aprobados para un padecimiento específico

En este ejemplo identificaremos fármacos aprobados para tratar la diabetes mellitus tipo 2 (DMT2). Una vez que se acceso a la página de DrugBank, el primer paso es seleccionar la opción de Indications en la barra de búsqueda (Figura 2). Con la opción seleccionada ahora podemos escribir en la barra de búsqueda la indicación terapéutica de interés para obtener la información de los compuestos, en este caso “Type 2 Diabetes Mellitus” y oprimimos el botón de búsqueda (Figura 3).

Figura 2. Opción Indications para la búsqueda.

Figura 3. Búsqueda de fármacos aprobados para el tratamiento de DMT2.

En la lista de resultados, seleccionamos la opción correspondiente a nuestra búsqueda (Figura 4) y se desplegará un listado con los fármacos aprobados para tratar DMT2 y una breve descripción para cada uno de ellos (Figura 5).

Figura 4. Selección de los resultados de búsqueda.

Figura 5. Breve descripción de cada fármaco en los resultados de búsqueda.

Búsqueda de fármacos

Al cambiar la opción de la barra de búsqueda a Drugs, es posible buscar fármacos por nombre en la base de datos. Por ejemplo, si buscamos Aspirin (Figura 6) se desplegará toda la información sobre este fármaco (Figura 7). En la parte superior de la página encontraremos un resumen sobre el fármaco buscado y podemos navegar por el resto de los datos utilizando la barra de la izquierda.

Figura 6. Búsqueda de un fármaco por nombre.

Figura 7. Ficha de información sobre un fármaco en DrugBank.

Búsqueda por diana terapéutica

Otra de las opciones comúnmente utilizadas en el diseño y desarrollo de fármacos es la de Targets, con la cula podemos encontrar en DrugBank aquellos fármacos relacionados con algún blanco terapéutico de nuestro interés. Siguiendo con fármacos asociados con DMT2, buscaremos fármacos asociados con la diana PTP1B:

Figura 8. Búsqueda con la opción Targets.

Seleccionamos los resultados asociados con nuestra búsqueda (Figura 9), se desplegará una lista con más detalles sobre el blanco terapéutico y los fármacos asociados con el mismo (Figura 10). Existe también la opción de seguir filtrando los resultados, por tipo de fármaco (aprobado, nutracéutico, en investigación, retirado del mercado, ilícito o experimental) o por disponibilidad en el mercado, utilizando las herramientas en la barra superior.

Figura 9. Selección de resultados de búsqueda por blanco terapéutico.

Figura 10. Información desplegada con la búsqueda por blanco terapéutico.

Para saber más:

• About DrugBank. https://go.drugbank.com/about Fecha de acceso: Diciembre de 2023.

• Wishart DS, Feunang YD, Guo AC, Lo EJ, Marcu A, Grant JR, Sajed T, Johnson D, Li C, Sayeeda Z, Assempour N, Iynkkaran I, Liu Y, Maciejewski A, Gale N, Wilson A, Chin L, Cummings R, Le D, Pon A, Knox C, Wilson M (2018) DrugBank 5.0: a major update to the DrugBank database for 2018. Nucleic Acids Res. 46(D1):D1074-D1082. doi: 10.1093/nar/gkx1037.