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Quimioinformática aplicada al diseño de fármacos

Next1. Búsqueda de información química

Last updated 6 months ago

La Quimioinformática es una rama de la Química Computacional que está enfocada en el uso de técnicas computacionales aplicadas a la solución de problemas que se presentan en Química. Como disciplina científica independiente, la Quimioinformática ha tenido un enorme avance en los últimos años, lo que ha permitido la aparición de áreas de investigación como el diseño de síntesis asistida por computadora, los estudios de relación cuantitativa estructura-actividad, el cribado virtual y la predicción de propiedades de absorción, distribución, metabolismo, excreción y toxicidad (ADME-Tox). Las técnicas mencionadas están asociadas frecuentemente a la investigación de fármacos. No obstante, su alcance puede abarcar otras áreas como Química Analítica, Química Orgánica, Toxicología Ambiental, Materiales y Polímeros, Química de Alimentos y Biofarmacia, por mencionar algunos ejemplos.

Debido a la gran aplicación que ha tenido la Quimioinformática en los últimos años y su relación con Inteligencia Artificial y otras áreas computacionales, el objetivo general de este libro electrónico es contribuir en la formación académica de los estudiantes y profesionales de la carrera de Química Farmacéutico-Biológica, Ciencias Farmacéuticas, Química y carreras afines. En esta versión electrónica se fomenta la ciencia abierta, por lo que todos los ejercicios que se incluyen se realizaron a partir de fuentes de datos públicas y herramientas de acceso abierto. Se exploran las representaciones moleculares más comunes de compuestos orgánicos de bajo peso molecular y sus aplicaciones en diversas áreas de la química. También, se ilustra la adquisición de información química de bases de datos moleculares públicas (como ChEMBL y PubChem), y el análisis y visualización de la información química bajo el concepto de espacio químico. El GitBook es de acceso libre y se espera que contribuya a fomentar la ciencia abierta, así como facilitar el aprendizaje de estudiantes y profesionales de la Química interesados en el análisis y visualización de datos químicos.

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  • Saldivar-González FI, Prado-Romero DL, Cedillo-González BR, Chávez-Hernández AL, Avellaneda-Tamayo JF, Gómez-García A, Juárez-Rivera L, Medina-Franco JL. (2024). J. Chem. Educ.; .

Contenido:

Capítulos
Capítulos
1. Búsqueda de información química
6. Análisis y visualización de información química
2. Introducción a Python, Google Colab y Linux
7. Similitud química
3. Representación molecular
8. Enumeración de bibliotecas químicas
4. Bases de datos moleculares
9. Acoplamiento molecular
5. Construcción y curado de bases de datos moleculares

Código/Tutoriales para practicar

Bibliografía recomendada:

Textos introductorios:

  • Martin, Y.C.; Abagyan, R.; Ferenczy, G.G.; Gillet, V.J.; Oprea, T.I.; Ulander, J.; Winkler, D.; Zefirov, N.S. Glossary of terms used in computational drug design, part II (IUPAC Recommendations 2015). Pure Appl. Chem. 2016, 88: 239-264.

Artículos de difusión en español:

Textos avanzados:

Quimioinformática en América Latina:

Libros con aplicaciones:

Páginas web:

Engel T (2006) . J Chem Inf Model. 46:2267–2277.

Gasteiger J (2006) . Anal Bioanal Chem. 384:57–64.

Saldívar-González F, Prieto-Martínez FD, Medina-Franco JL (2017) Educación Química. 28:51–58.

Saldivar-González F, Fernández-de Gortari E, Medina-Franco JL (2023). Educación Química. 34:17–25.

. Editores: Leach AR y Gillet VJ, 1 ed., Springer. 2007, pp 255.

; Editores: Gasteiger, J.; Engel, T. 1 ed., Wiley-VCH. 2003, pp 650.

Miranda-Salas J, Peña-Varas C, Valenzuela Martínez I, et al (2023) Artificial Intelligence in the Life Sciences. 3:100077.

. Editor: Bajorath, J. 1 ed., John Wiley & Sons, Inc., 2013, pp 432.

. Editores: Oprea, T.I.; Mannhold, R.; Kubinyi, H. & Folkers, G. 1 ed. Wiley-VCH; 2005, pp 515.

; Editor: Ntie-Kang F, Gruyter. 2020. .

Directory of computer-aided Drug Design tools.

Basic overview of chemoinformatics
Chemoinformatics: a new field with a long tradition
Descubrimiento y desarrollo de fármacos: un enfoque computacional.
Inteligencia artificial en el diseño de fármacos: hacia la inteligencia aumentada
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Chemoinformatics: A Text Book
Trends and challenges in chemoinformatics research in Latin America.
Chemoinformatics for Drug Discovery
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Chemoinformatics of Natural Products
https://doi.org/10.1515/9783110579352
https://www.click2drug.org/
📖
A Spanish Chemoinformatics GitBook for Chemical Data retrieval and Analysis using Python Programming.
https://doi.org/10.1021/acs.jchemed.4c00041
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