# Quimioinformática aplicada al diseño de fármacos

La **Quimioinformática** es una rama de la Química Computacional que está enfocada en el uso de técnicas computacionales aplicadas a la solución de problemas que se presentan en Química. Como disciplina científica independiente, la Quimioinformática ha tenido un enorme avance en los últimos años, lo que ha permitido la aparición de áreas de investigación como el diseño de síntesis asistida por computadora, los estudios de relación cuantitativa estructura-actividad, el cribado virtual y la predicción de propiedades de absorción, distribución, metabolismo, excreción y toxicidad (ADME-Tox). Las técnicas mencionadas están asociadas frecuentemente a la investigación de fármacos. No obstante, su alcance puede abarcar otras áreas como Química Analítica, Química Orgánica, Toxicología Ambiental, Materiales y Polímeros, Química de Alimentos y Biofarmacia, por mencionar algunos ejemplos. 

Debido a la gran aplicación que ha tenido la **Quimioinformática** en los últimos años y su relación con Inteligencia Artificial y otras áreas computacionales, el objetivo general de este libro electrónico es contribuir en la formación académica de los estudiantes y profesionales de la carrera de Química Farmacéutico-Biológica, Ciencias Farmacéuticas, Química y carreras afines. En esta versión electrónica se fomenta la ciencia abierta, por lo que todos los ejercicios que se incluyen se realizaron a partir de fuentes de datos públicas y herramientas de acceso abierto. Se exploran las representaciones moleculares más comunes de compuestos orgánicos de bajo peso molecular y sus aplicaciones en diversas áreas de la química. También, se ilustra la adquisición de información química de bases de datos moleculares públicas (como ChEMBL y PubChem), y el análisis y visualización de la información química bajo el concepto de espacio químico. El GitBook es de acceso libre y se espera que contribuya a fomentar la ciencia abierta, así como facilitar el aprendizaje de estudiantes y profesionales de la Química interesados en el análisis y visualización de datos químicos. 

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* Saldivar-González FI, Prado-Romero DL, Cedillo-González BR, Chávez-Hernández AL,  Avellaneda-Tamayo JF, Gómez-García A, Juárez-Rivera L,  Medina-Franco JL. (2024).[ A Spanish Chemoinformatics GitBook for Chemical Data retrieval and Analysis using Python Programming. ](https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jchemed.4c00041) *J. Chem. Educ.*; <https://doi.org/10.1021/acs.jchemed.4c00041>.&#x20;
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## Contenido:

<table data-full-width="true"><thead><tr><th width="501" data-type="content-ref">Capítulos</th><th data-type="content-ref">Capítulos</th></tr></thead><tbody><tr><td><a href="1.-busqueda-de-informacion-quimica">1.-busqueda-de-informacion-quimica</a></td><td><a href="6.-analisis-y-visualizacion-de-informacion-quimica">6.-analisis-y-visualizacion-de-informacion-quimica</a></td></tr><tr><td><a href="2.-introduccion-a-python-google-colab-y-linux">2.-introduccion-a-python-google-colab-y-linux</a></td><td><a href="7.-similitud-quimica">7.-similitud-quimica</a></td></tr><tr><td><a href="3.-representacion-molecular">3.-representacion-molecular</a></td><td><a href="8.-enumeracion-de-bibliotecas-quimicas">8.-enumeracion-de-bibliotecas-quimicas</a></td></tr><tr><td><a href="4.-bases-de-datos-moleculares">4.-bases-de-datos-moleculares</a></td><td><a href="9.-acoplamiento-molecular">9.-acoplamiento-molecular</a></td></tr><tr><td><a href="5.-construccion-y-curado-de-bases-de-datos-moleculares">5.-construccion-y-curado-de-bases-de-datos-moleculares</a></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td></tr></tbody></table>

## Código/Tutoriales para practicar

<table data-view="cards" data-full-width="false"><thead><tr><th align="center"></th><th></th><th align="center"></th><th align="center"></th><th data-hidden data-card-cover data-type="files"></th><th data-hidden data-card-target data-type="content-ref"></th></tr></thead><tbody><tr><td align="center"><p><mark style="color:blue;"><strong>Blog</strong></mark></p><p><a href="https://practicalcheminformatics.blogspot.com"><em><mark style="color:blue;"><strong>Practical Cheminformatics</strong></mark></em></a></p></td><td>                            <mark style="color:blue;">Pat Walters</mark></td><td align="center"></td><td align="center"></td><td><a href="https://4235622825-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2FyzFDWCsANohM6QBx4kmk%2Fuploads%2FyQ8K31qZghh0wLS1qu5i%2FMujeres%20QC(3).png?alt=media&#x26;token=e4073f00-284a-46bc-a869-3011f5cd2b5c">Mujeres QC(3).png</a></td><td><a href="http://practicalcheminformatics.blogspot.com/">http://practicalcheminformatics.blogspot.com/</a></td></tr><tr><td align="center"><p><mark style="color:blue;"><strong>GitHub</strong></mark> </p><p><a href="https://github.com/PatWalters/practical_cheminformatics_tutorials"><em><mark style="color:blue;"><strong>Practical Cheminformatics</strong></mark></em></a></p></td><td>                             <mark style="color:blue;">Pat Walters</mark></td><td align="center"></td><td align="center"></td><td><a href="https://4235622825-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2FyzFDWCsANohM6QBx4kmk%2Fuploads%2F6V1yvx5HN7xBwS7RpTDr%2F4.png?alt=media&#x26;token=572afbc3-729b-4316-aca6-cb2ee473d0b4">4.png</a></td><td><a href="https://github.com/PatWalters/practical_cheminformatics_tutorials">https://github.com/PatWalters/practical_cheminformatics_tutorials</a></td></tr><tr><td align="center"><p>          <mark style="color:blue;"><strong>GitHub</strong></mark>     </p><p>         <a href="https://github.com/Sulstice/Cheminformatics-Teaching-Material"><em><mark style="color:blue;"><strong>Cheminformatics Teaching-Material</strong></mark></em></a></p></td><td>               <mark style="color:blue;">Sul Sharif (Sulstice)</mark></td><td align="center"></td><td align="center"></td><td><a href="https://4235622825-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2FyzFDWCsANohM6QBx4kmk%2Fuploads%2FeXbxoiiQe0L5B0hOAwHs%2F1.png?alt=media&#x26;token=2bc100ab-d0a9-452b-8df4-d81173f98909">1.png</a></td><td><a href="https://github.com/Sulstice/Cheminformatics-Teaching-Material">https://github.com/Sulstice/Cheminformatics-Teaching-Material</a></td></tr><tr><td align="center"><p><mark style="color:blue;"><strong>GitHub</strong></mark></p><p><mark style="color:blue;"><strong>TeachOpenCADD</strong></mark></p></td><td>                         <mark style="color:blue;">V</mark><a href="https://github.com/volkamerlab"><mark style="color:blue;">olkamer Lab</mark></a><br></td><td align="center"></td><td align="center"></td><td><a href="https://4235622825-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2FyzFDWCsANohM6QBx4kmk%2Fuploads%2FobCPa1HWW9nHK89aq6EU%2F3.png?alt=media&#x26;token=7a0ed268-c8a8-4d7d-9d22-0eab0f474869">3.png</a></td><td><a href="https://github.com/volkamerlab/teachopencadd">https://github.com/volkamerlab/teachopencadd</a></td></tr><tr><td align="center"><img src="https://4235622825-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2FyzFDWCsANohM6QBx4kmk%2Fuploads%2FxnazC9elS3NVc5ZWaSLU%2Fimage.png?alt=media&#x26;token=3e4c1d77-b4c4-4461-96b7-57edcd10d87d" alt="" data-size="original"></td><td>                            <a href="https://lideb.biol.unlp.edu.ar/?page_id=1076"><mark style="color:blue;"><strong>LIDeB Tool</strong></mark></a><mark style="color:blue;"><strong>s</strong></mark></td><td align="center"><mark style="color:blue;">Laboratory of Bioactive Research and Development, UNLP</mark></td><td align="center"></td><td></td><td><a href="https://lideb.biol.unlp.edu.ar/?page_id=1076">https://lideb.biol.unlp.edu.ar/?page_id=1076</a></td></tr><tr><td align="center"><mark style="color:blue;"><strong>GitHub</strong></mark></td><td>                 <a href="https://schwallergroup.github.io/ai4chem_course/">    <mark style="color:blue;"><strong>AI4Chemistry course</strong></mark></a></td><td align="center"><mark style="color:blue;">Philippe Schwaller</mark></td><td align="center"></td><td><a href="https://4235622825-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2FyzFDWCsANohM6QBx4kmk%2Fuploads%2FzgLuhCwUsV9AG6YewAvd%2FGitbook%20Colaboradores%20(5).png?alt=media&#x26;token=1f0d55f6-1722-4a6f-9269-0ffcf5953f45">Gitbook Colaboradores (5).png</a></td><td><a href="https://schwallergroup.github.io/ai4chem_course/">https://schwallergroup.github.io/ai4chem_course/</a></td></tr></tbody></table>

## <mark style="color:orange;">Bibliografía recomendada:</mark>

<div data-full-width="false"><figure><img src="https://4235622825-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2FyzFDWCsANohM6QBx4kmk%2Fuploads%2F3Fr5HGe2HFHPLEl7efFq%2FGitbook%20(7).png?alt=media&#x26;token=bf52ee23-32c3-4736-8a3e-6994eaae9fb2" alt=""><figcaption></figcaption></figure></div>

#### <mark style="color:purple;">Textos introductorios:</mark>

* Engel T (2006) [Basic overview of chemoinformatics](https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ci600234z). *J Chem Inf Model.* 46:2267–2277.
* Gasteiger J (2006) [Chemoinformatics: a new field with a long tradition](https://link.springer.com/article/10.1007/s00216-005-0065-y). *Anal Bioanal Chem.* 384:57–64.
* Martin, Y.C.; Abagyan, R.; Ferenczy, G.G.; Gillet, V.J.; Oprea, T.I.; Ulander, J.; Winkler, D.; Zefirov, N.S. Glossary of terms used in computational drug design, part II (IUPAC Recommendations 2015). Pure Appl. Chem. 2016, 88: 239-264.&#x20;

<mark style="color:purple;">**Artículos de difusión en español:**</mark>

* Saldívar-González F, Prieto-Martínez FD, Medina-Franco JL (2017) [Descubrimiento y desarrollo de fármacos: un enfoque computacional.](https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0187893X16300301) *Educación Química*. 28:51–58.
* Saldivar-González F, Fernández-de Gortari E, Medina-Franco JL (2023)[ Inteligencia artificial en el diseño de fármacos: hacia la inteligencia aumentada](https://www.revistas.unam.mx/index.php/req/article/view/83233). *Educación Química*. 34:17–25.

<mark style="color:purple;">**Textos avanzados:**</mark>

* [An Introduction to Chemoinformatics](https://link.springer.com/book/10.1007/978-1-4020-6291-9).  Editores: Leach AR y Gillet VJ, 1 ed., Springer. 2007, pp 255.
* [Chemoinformatics: A Text Book](https://onlinelibrary.wiley.com/doi/book/10.1002/3527601643); Editores: Gasteiger, J.; Engel, T. 1 ed., Wiley-VCH. 2003, pp 650.&#x20;

<mark style="color:purple;">**Quimioinformática en América Latina:**</mark>

* Miranda-Salas J, Peña-Varas C, Valenzuela Martínez I, et al (2023) [Trends and challenges in chemoinformatics research in Latin America.](https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2667318523000211) *Artificial Intelligence in the Life Sciences.* 3:100077.

<mark style="color:purple;">**Libros con aplicaciones:**</mark>

* [Chemoinformatics for Drug Discovery](https://www.wiley.com/en-ca/Chemoinformatics+for+Drug+Discovery-p-9781118139103). Editor: Bajorath, J. 1 ed., John Wiley & Sons, Inc., 2013, pp 432.&#x20;
* [Chemoinformatics in Drug discovery](https://onlinelibrary.wiley.com/doi/book/10.1002/3527603743). Editores: Oprea, T.I.; Mannhold, R.; Kubinyi, H. & Folkers, G. 1 ed. Wiley-VCH; 2005, pp 515.
* [Chemoinformatics of Natural Products](https://www.degruyter.com/serial/cnpn-b/html); Editor: Ntie-Kang F, Gruyter. 2020. <https://doi.org/10.1515/9783110579352>.

<mark style="color:purple;">**Páginas web:**</mark>&#x20;

* Directory of computer-aided Drug Design tools. <https://www.click2drug.org/>&#x20;