9.2 AutoDock Vina
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Otro programa de acceso libre comúnmente utilizado en proyectos de diseño de fármacos asistido por computadora es AutoDock Vina (Vina). Vina suele usarse como programa de referencia para evaluar otros programas de acoplamiento molecular y funciones de puntuación. La versión más reciente incluye opciones para realizar acoplamientos simultáneos, de macrociclos y con moléculas de agua (Eberhardt et al. 2021).
Es necesario saber la cavidad en la que se va a centrar el cálculo de acoplamiento molecular, para esto podemos utilizar programas o servidores para visualizar el grid (rejilla) donde se realizará el acoplamiento. Algunas opciones son AutoDock Tools o Webina. A continuación, se describen las instrucciones para instalar Vina en nuestra computadora; la siguiente sección detalla los pasos a seguir para realizar cálculos de acoplamiento.
Para realizar cálculos con AutoDock Vina, vamos a instalarlo, ya sea en un equipo con sistema operativo Linux o WSL de Windows. Adicionalmente vamos a requerir la instalación de MGLTools. También instalaremos Open Babel para cambiar entre distintos formatos moleculares.
Abrimos una terminal y actualizamos todas las dependencias:
Introducir la contraseña del usuario con el que estamos trabajando, recordar que el cursor no nos mostrará cuántos caracteres llevamos tecleados. Continuamos con la actualización:
La terminal enviará un mensaje para continuar con el procedimiento, teclar sí [S o Y]:
Terminadas las actualizaciones, instalamos AutoDock Vina:
Autorizar la instalación y esperar. Terminada la instalación, verificar el funcionamiento del programa tecleando en la terminal:
La respuesta debe ser:
Ahora instalamos Open Babel:
Autorizamos y verificamos la instalación:
Ahora instalaremos MGLTools, como tendremos que descargarlo crearemos primero una nueva carpeta llamada "Installed":
Los futuros programas que descarguemos pueden guardarse en la carpeta "Installed" para facilitar la localización de las rutas.
Recordar que en WSL, los directorios deben crearse desde la terminal y no desde el explorador de archivos de Windows.
Una vez creada la carpeta, entrar al directorio:
Descargar el archivo comprimido de MGLTools 1.5.7:
En caso deseado, puede instalarse MGLTools 1.5.6:
Descomprimir el archivo descargado:
Esto va a generar la carpeta "mgltools_x86_64Linux2_1.5.7", entrar al directorio:
Instalar MGLTools, autorizar con la contraseña del usuario:
Al finalizar la instalación, tenemos que agregar unas líneas al archivo de configuración (.bashrc) en el HOME de Linux. Primero salimos de la carpeta "Installed":
Esto nos regresa al HOME de Linux. Vamos a abrir el archivo .bashrc con un editor de texto:
Una vez abierto el archivo, navegamos hasta la última línea y agregamos el siguiente texto, reemplazando el nombre de usuario en el lugar correspondiente:
export PATH=/home/usuario_Linux/Installed/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7/MGLToolsPck/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24:$PATH
Después de añadir el texto presionar Ctrl+X para guardar los cambios y Ctrl+O para salir del editor.
Puede utilizarse otro editor de texto como vim o el Bloc de notas.
Para que la terminal donde estamos trabajando reconozca los cambios del .bashrc, es necesario cerrar y abrir nuevamente. También podemos actualizar la configuración sin cerrar con el comando:
Finalmente, para el correcto funcionamiento de MGLTools vamos a crear un entorno virtual conda, el cual nos ayudará a gestionar paqueterías.
Entramos nuevamente al directorio "Installed":
Descargamos miniconda:
Al terminar la descarga, dar los permisos necesarios al archivo descargado:
Ejecutar el archivo para instalar miniconda:
La ejecución mostrará la licencia de usuario, presionar Enter hasta aceptar la licencia. Después de aceptar el acuerdo se debe indicar un directorio de instalación, escribir:
/home/usuario_Linux/Installed/miniconda3
Aceptar la última pregunta y presionar Enter. Actualizar conda:
Presionar sí para aceptar. Podemos verificar la versión de conda con:
Una vez instalada conda, creamos un ambiente virtual para MGLTools:
Después de crearlo, activamos el ambiente:
Instalar MGLTools en el ambiente:
Si se instaló la versión 1.5.6 de MGLTools, instalar en el ambiente:
Se puede verificar la versión instalada en el ambiente con:
Siguiendo los pasos anteriores , tenemos instalado y configurado lo necesario para seguir el Tutorial de acoplamiento con Vina.
Adicionalmente en Windows, podemos instalar la interfaz gráfica de AutodockTools para analizar los resultados del acoplamiento:
En Linux, AutoDock Tools se instala con MGLTools. Añadir al .bashrc las líneas:
alias pmv="/home/usuario_Linux/Installed/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7/bin/pmv"
alias adt="/home/usuario_Linux/Installed/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7/bin/adt"
alias vision="/home/usuario_Linux/Installed/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7/bin/vision"
alias pythonsh="/home/usuario_Linux/Installed/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7/bin/pythonsh"
Abrir la interfaz gráfica de AutoDockTools, escribiendo en la terminal:
AutoDock Vina. https://vina.scripps.edu/ Fecha de acceso: Enero de 2024.
AutoDock Vina Video Tutorial. https://www.youtube.com/watch?v=-GVZP0X0Tg8 Fecha de acceso: Enero de 2024.
CavityPlus 2022: Protein Cavity Detection And Beyond. http://www.pkumdl.cn:8000/cavityplus/#/ Fecha de acceso: Enero de 2024.
Conda Documentation. https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/ Fecha de acceso: Enero de 2024.
Eberhardt J, Santos-Martins D, Tillack AF, Forli S (2021). AutoDock Vina 1.2.0: New Docking Methods, Expanded Force Field, and Python Bindings. J. Chem. Inf. Model. 61:3891–3898. doi: 10.1021/acs.jcim.1c00203.
Entornos virtuales de Python con Conda. https://cluster.uy/ayuda/conda/#:~:text=Conda%20es%20un%20sistema%20de,Python3%20en%20su%20directorio%20personal. Fecha de acceso: Enero de 2024.
MGLTools. https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/ Fecha de acceso: Enero de 2024.
Proteins Plus. https://proteins.plus/help/tutorial Fecha de acceso: Enero de 2024.
Trott O, Olson AJ (2009). AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading. J. Comput. Chem. 31:455–461. doi: 10.1002/jcc.21334.
Webina 1.0.5 https://durrantlab.pitt.edu/webina/ Fecha de acceso: Enero de 2024.
